År 2011 gav Finansinspektionen skarp kritik mot Marginalen Bank gällande hantering av lån mellan koncernbolag. De tog ett beslut att utlåningen skett på ett felaktigt sätt och krävde att banken skulle betala en stor summa i böter. Detta var något som Marginalen Bank då motsatte sig. Banken påpekade att lagstiftningen på området inte varit tillräckligt tydligt och att de även har följt den praxis som har satts upp av Bankföreningen.
Efter att ärendet överklagats av banken kom det upp i Kammarrätten. Kammarrätten valde att gå på Finansinspektionens linje men sänkte ändå straffavgiften något. Den summa som banken skulle betala som sanktionsavgift landade istället på 20 miljoner kronor. Detta samtidigt som varningen från Finansinspektionen skulle stå kvar.
Marginalen Bank valde att även överklaga detta beslut och lämnade in en överklagan till Högsta Förvaltningsdomstolen.
Den sista september 2015 kom så domen från Högsta Förvaltningsdomstolen. De meddelade att de inte avser att ta upp fallet med Marginalen Bank. Därmed kommer beslutet från Kammarrätten att träda laga kraft och Marginalen Bank bli tvungna att betala 20 miljoner i böter.
Detta är däremot inget som kommer påverka bankens verksamhet eller dess finansiella ställning. Orsaken till detta är att det bolag som äger Marginalen Bank har garanterat att gå in med denna summa. Utöver det har de även ändrat sina rutiner så att de följer de regler som FI menade inte följdes. Denna ändring genomfördes redan 2011.